为进一步完善微生物菌种资源信息，保障微生物菌种资源质量，CICC于2009年年中着手开发设计微生物菌种质量控制信息系统。经过大半年的不懈努力，该系统于2010年2月15日正式启用。

CICC微生物菌种质量控制信息系统是基于JAVA程序建立的MYSQL数据库信息系统。该系统主要用于CICC菌种的分子生物学鉴定、生理生化鉴定、形态学鉴定、API鉴定、BIOLOG鉴定等相关实验报告的提交、修改、审批和储存，同时也对菌种更名备忘录和菌种证明（COA）等信息进行记录和管理。

CICC微生物菌种质量控制信息系统实现了中心菌种质量控制工作的局域网在线流程化管理，对出具的实验报告实施在线录入、审核、修改、批准，并实现了报告的自动生成与打印等功能。信息系统的启用加强了CICC对重要实验数据的管理能力，规范了菌种信息上传下载流程，为CICC菌种的质量控制提供了有力的数据保障，同时也提高了工作效率，有利于菌种质控工作的顺序开展。