多位点序列分型（multilocus sequence typing, MLST）是一种基于核酸序列测定的常规细菌分型方法。该方法由多位点酶电泳（multilocus enzyme electroiphoresis, MLEE）方法发展而来，通过直接测定细菌表达代谢相关酶的管家基因（House-keeping gene）的核苷酸序列，分析细菌进化和群体生物学特征，从而进行分型。

MLST一般测定6-10个管家基因内部400-600bp片段的核苷酸序列，每个位点的序列根据其发现的时间顺序赋予一个等位基因编号，每一株菌的等位基因编号按照指定的顺序排列就是其等位基因谱，即是这株菌的ST（sequence type）。这样得到的每一个ST均代表一组单独的核苷酸序列信息，通过比较ST可以发现菌株的相关性。

MLST分析方法：针对管家基因设计引物对其进行PCR扩增和测序，得出每个菌株各个位点的等位基因数值，然后进行等位基因图谱（allelic profile）或序列类型（sequence types, STs）鉴定，再根据等位基因图谱使用配对差异矩阵（matrix pair-wise differences）等方法构建系统树图进行聚类分析。实际运用中，对于已有的成熟MLST方案的细菌，可直接从MLST数据库中获取分型方案。

MLST可以准确地记录细菌基因水平上的变异，并且核酸序列容易获取，所以该方法不仅被用于研究细菌的流行病学、群体生物学、致病性和进化，而且还可以用来追溯耐药菌株的来源和传播。